Libragen vient de rejoindre le Pôle NSL

Rencontre avec Denis Wahler, Business Development Manager chez Libragen

Pouvez-vous nous présenter votre structure ?LIBRAGEN

La société Libragen a été créée en 2001 avec l’ambition de découvrir de nouvelles enzymes, de nouvelles voies de synthèse et de nouvelles substances actives pour des domaines d’application liés à la chimie fine en s’appuyant sur les techniques de métagénomique qui commençaient à diffuser de la communauté scientifique vers des secteurs industriels. Installée à Toulouse depuis 2004, elle s’est développée en combinant son expertise dans la découverte de systèmes enzymatiques performants avec des compétences dans la conception et le développement de procédés de transformation biocatalytiques. Aux prestations de R&D sous contrat qu’elle a pu offrir à des entreprises de tous domaines et de toutes tailles, se sont ajoutés des développements propres qui ont trouvé leur débouché dans le domaine de la cosmétique en particulier, et notamment via le groupe suisse Induchem, prenant les commandes de Libragen en 2010. Enfin, les nombreux succès remportés par le groupe dans le milieu cosmétique ont conduit, en septembre 2015, au rachat de Libragen et de sa maison mère Induchem par le groupe suisse Givaudan, n°1 mondial des Arômes et Parfums.

Pouvez-vous nous en dire plus sur l’expertise de Libragen  en matière de métagénomique, expertise que vous êtes venu présenter le 5 novembre lors d’un atelier* sur le sujet ?

* voir en fin d’article

Dès son origine, Libragen s’est attachée à mettre au point des méthodes efficaces et robustes d’extraction d’ADN métagénomique à partir d’environnements très divers et de niveaux de complexité variables. Son savoir-faire s’est progressivement constitué ces 15 dernières années au travers de collaborations sélectionnées qui permettaient l’accès d’une part à des cibles environnementales multiples et d’autre part à des méthodes de caractérisation fonctionnelles et moléculaires variées.

Les avancées récentes dans le séquençage à haut débit, la bioinformatique et la biostatistique, l’ont amenée à considérer les ressources génétiques non plus comme une source d’outils exploités pour des conversions chimiques, mais comme des informations uniques pour décrire et comparer, de manière bien plus exhaustive que ne le permet la microbiologie pasteurienne, des communautés microbiennes associées à des environnements d’intérêt. En particulier, les techniques de métagénomique sont apparues particulièrement avantageuses pour décrire et comparer dans l’espace et/ou dans le temps des communautés microbiennes sous l’effet de perturbations biologiques, chimiques et/ou physiques.

De ce fait, Libragen intègre aujourd’hui une chaîne technique expérimentée qui débute par une expertise affirmée dans le prélèvement d’échantillons environnementaux hébergeant les communautés microbiennes d’intérêt, leur manipulation et leur traitement. Selon l’objectif de l’étude, la phase suivante est soit le clonage de grands fragments d’ADN métagénomique (40 kbp), l’expression des gènes présents, la détection d’activités enzymatiques cibles (mise en évidence fonctionnelle ou structurelle) puis le séquençage des gènes d’intérêt, soit le séquençage direct à l’aide des techniques à haut débit maintenant accessibles sans passer par le clonage de l’ADN extrait. Les résultats obtenus sont finalement interprétés et valorisés, soit par rapport à la fonction expérimentalement démontrée des enzymes exprimées, soit vis-à-vis de la nature des séquences déterminées, la fonction probable et/ou l’origine taxonomique du microorganisme d’origine étant alors renseignée.

Que représente la problématique de la Nutrition Santé au sein de votre organisation ?

Evoquer la nutrition, la santé et la longévité amènent aujourd’hui à considérer en premier lieu le microbiote intestinal, dont le rôle primordial est décrit et supporté par de nombreuses communications dans le milieu scientifique mais aussi par celles destinées à un public plus large qui paraissent régulièrement. En considérant que l’une des fonctions premières de l’épithélium de revêtement qu’est l’épiderme est celle d’une barrière vis-à-vis de l’environnement et notamment de barrière vis-à-vis des microorganismes, l’intérêt porté aux microbiomes rencontrés sur les principales surfaces du corps est sans cesse croissant pour répondre soit à des problématiques de santé, soit à une demande tout aussi importante de bien-être et de confort. La relation entre la nutrition, la santé, la longévité ainsi que le bien-être et le confort sont au cœur des activités de Libragen : à la fois concevoir, développer et mettre à disposition des substances qui vont agir de par leur structure chimique, et aussi développer des outils et des méthodes capables de contribuer à l’évaluation du bénéfice que peuvent apporter les substances développées ou toutes autres substances relatives.

Comment avez-vous connu le Pôle Nutrition Santé Longévité et quelles sont les raisons pour lesquelles vous avez souhaité rejoindre le Pôle ?

Notre première rencontre avec le Pôle Nutrition Santé Longévité date de la conférence BioEurope en mars 2015 à Paris. Les raisons pour lesquelles nous avons souhaité rejoindre le Pôle tiennent au domaine d’expertise et à la qualité et la diversité des membres qu’il réunit. Dans ce contexte, Libragen espère nouer des relations étroites avec des entreprises et/ou laboratoires membres du Pôle.

Quelles sont vos attentes vis-à-vis du Pôle NSL ?

A travers le Pôle Nutrition Santé Longévité et son rayonnement aux niveaux national et européen, nous espérons pouvoir contribuer à la réalisation de programmes permettant globalement d’acquérir de nouvelles connaissances dans l’impact que peuvent avoir les substances consommées sur la santé et le bien-être, de contribuer au développement de produits plus adaptés aux besoins et aux contraintes sanitaires, réglementaires et environnementales. De plus, nous souhaitons également pouvoir continuer à renforcer notre offre technique pour qu’elle puisse atteindre sa pleine maturité.

Quels sont vos prochains projets ?

Nous poursuivons intensément notre développement méthodologique sur tous les aspects de la chaîne de valeur (séquençage et traitement des données), à l’exception des premières étapes de prélèvement et de traitement des acides nucléiques qui, du fait de nos 15 années de recul, nous paraissent maintenant suffisamment maîtrisées. Nous finalisons par exemple une approche de séquençage basée sur le séquenceur de troisième génération PacBio® afin d’obtenir directement les séquences complètes des gènes des sous-unités 16S des ARN ribosomaux, et ainsi être plus précis dans la caractérisation taxonomique des populations. Nous nous intéressons aussi de manière de plus en plus marquée aux questions de métatranscriptomique et nous souhaitons en particulier pouvoir suivre dans ce domaine un processus de développement proche de celui suivi pour l’ADN.

Y a-t-il un autre sujet que vous souhaiteriez mettre en avant pour nos lecteurs ?

Nous avons ajouté les notions de confort et bien-être à celles de santé et longévité. Ces notions nous paraissent très importantes car viser à leur maintien est aussi une approche pour lutter contre l’installation de situations pathologiques. Nous devons aussi rappeler que nous possédons une expérience très solide dans la recherche et le développement de procédés de biocatalyse, Libragen étant l’une des très rares sociétés en France ayant fait la démonstration de l’application à l’échelle industrielle des enzymes.

Retour sur l’atelier métagénomique du 5 novembre

Libragen a pu illustrer son expertise lors de l’atelier « La métagénomique, un outil au service de l’agroalimentaire et de la santé » organisé par le Pôle NSL le 5 novembre dernier dans les locaux de la société DIAGAST.

Devant un parterre d’une trentaine d’industriels et d’académique, les sociétés Gènes Diffusion et Libragen ont présenté les opportunités offertes par la métagénomique dans les domaines de l’agroalimentaire et de la santé. Longtemps réservées au milieu médical, les techniques de séquençages haut-débit deviennent accessibles à d’autres secteurs comme l’agroalimentaire ou l’environnement. En combinant les avancées du séquençage ADN à haut débit et du big data, la métagénomique permet d’étudier le contenu microbien dans un produit alimentaire, dans un organe ou encore dans l’air, l’eau, les sols.

Les participants ont ensuite pu visiter les locaux de production de la société DIAGAST

Atelier Métagénomqiue 1  Atelier Métagénomique 2

 

Contact info

Adresse :

Pôle Nutrition Santé Longévité
Parc Eurasanté Ouest
310 avenue Eugène Avinée
59120 LOOS ( Lille – métropole – FRANCE )

Téléphone :
03 28 55 50 14

Fax :
03 28 55 90 61