Une analyse métagénomique révèle un profil inattendu du microbiote intestinal de sujets colonisés par Blastocystis.

Les deux équipes régionales de « Biology & Diversity of Emerging Eukaryotic Pathogens » du Centre d’Infection et d’Immunité de Lille et Pegase-Biosciences (Gènes Diffusion, Institut Pasteur de Lille) ont collaboré pour développer une solution analytique permettant une interprétation optimisée de données de métagénomique ciblée, issues de séquençage haut-débit.

 Impression      logo-Pegase-avec-cadre_jpeg-300x300 (3)

logo-institut-pasteur-lille        Logo GENES DIFFUSION FR CentrŽ Quadri vectorisŽ univ_lille2 (2)

La méthode développée exploite les caractéristiques d’un séquenceur Ion Torrent, une technologie permettant plusieurs échelles de production de données en maintenant des coûts de séquençage relativement bas, mais considérée comme relativement bruitée par les erreurs de séquençage. L’approche développée ici tient compte des caractéristiques intrinsèques de la technologie et permet d’aller jusqu’à l’analyse statistique finale permettant, par exemple, de mettre en évidence une signature différentielle entre des microbiotes distincts.

Cette approche s’est concrétisée par une publication du 05 mai 2016, dans Scientific Reports – Colonization with the enteric protozoa Blastocystis is associated with increased diversity of human gut bacterial microbiota

L’altération de la composition des communautés bactériennes intestinales, phénomène connu sous le nom dysbiose, est liée à de multiples troubles gastro-intestinaux tels que la maladie de Crohn, le syndrome du côlon irritable, ou encore à des infections par divers agents pathogènes entériques. Blastocystis est l’un des eucaryotes unicellulaires (protistes) les plus couramment détectés dans les échantillons de selles humaines (prévalence pouvant atteindre 30 % dans les pays développés). La voie oro-fécale est considérée comme le principal mode de transmission de Blastocystis à travers la consommation d’eau ou de nourriture contaminées par le protiste.

Bien que largement répandue, la signification clinique de cette colonisation par Blastocystis reste incertaine, et le potentiel pathogène de ce protiste, controversé. Afin d’éclaircir la question de la pathogénicité de Blastocystis, l’impact de la colonisation par ce protiste sur la composition du microbiote intestinal humain a été étudié. À cette fin, une étude transversale a été menée incluant 48 patients colonisés par Blastocystis et 48 sujets non colonisés (les 2 groupes étant comparables en termes de variables cliniques et environnementales). La flore intestinale de ces 96 sujets a été analysée par séquençage haut-débit ciblant des régions variables de l’ADNr 16S à l’aide de la technologie Ion Torrent et de la solution analytique développée par Pegase-Biosciences.

Étonnement ces analyses ont révélé une diversité bactérienne plus élevée dans le microbiote intestinal des patients colonisés par Blastocystis, une plus grande abondance de Clostridia ainsi qu’une faible abondance d’entérobactéries, signatures souvent associées à un intestin sain. Ces résultats suggèrent que la colonisation par Blastocystis est généralement associée au microbiote d’un intestin sain, plutôt qu’à une dysbiose intestinale généralement observée dans les maladies inflammatoires métaboliques ou infectieuses du tractus gastro-intestinal inférieur.

Contact info

Adresse :

Pôle Nutrition Santé Longévité
Parc Eurasanté Ouest
310 avenue Eugène Avinée
59120 LOOS ( Lille – métropole – FRANCE )

Téléphone :
03 28 55 50 14

Fax :
03 28 55 90 61