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Le Pôle NSL sélectionné pour la phase finale du Programme Investissement Avenir 3

Il y a quelques mois, le Pôle NSL a déposait un projet de cohorte multicentrique pour caractériser le microbiote luminal et le microbiote adhérent dans les pathologies digestives à composantes inflammatoires.

Porté par Pierre Desreumaux, le projet consiste à conduire une étude comparative du microbiome adhérent à plusieurs étages intestinaux au sein d’une cohorte de sujet sains et de sujets atteints des principales pathologies inflammatoires digestives. L’analyse descriptive des différentes populations bactériennes adhérentes sera confrontée à l’analyse du microbiote fécal luminal par des approches moléculaires de métagénomique (ciblée 16 S et Shotgun). En complément, une méthodologie plus classique de culture va permettre d’isoler et d’identifier des souches bactériennes dans ces différentes situations et types d’échantillons. Une approche fonctionnelle va s’attacher à évaluer la proportion de souches d’E.coli entéro-invasives (AIEC) mais aussi de caractériser le potentiel inflammatoire de plusieurs isolats représentatifs, en échantillonnant des genres d’intérêts (Lactobacillus, Enterococcus, Clostridium, Bacteroides, …).

Cette étude multicentrique définie une large cohorte de sujets caractérisés couvrant la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, les colites microscopiques lymphocytaires et collagènes, les colopathies fonctionnelles à diarrhée et à constipation ainsi que la maladie cœliaque. Elle doit générer d’importantes données analytiques et une biobanque par la constitution d’une collection de souches documentées pour leurs capacités inflammatoires.

Le but est de proposer des données fiables et harmonisées qui seront mises à disposition de partenaires industriels selon la charte d’accès et la tarification en vigueur. A terme, ces partenaires pourront mettre en place des études ciblées pour évaluer des approches thérapeutiques.

Le dossier a été déposé fin août et une réponse devrait intervenir début novembre.